חיי המדף של עוגיות אגוזים הם בדרך כלל בין 15 ל-45 ימים, תלוי בתנאי האחסון והאם מוסיפים חומרים משמרים.
עוגיות אגוזים עשויות בעבודת יד ללא תוספים-ניתן בדרך כלל לאחסן במשך 15-20 ימים בטמפרטורת החדר במיכל אטום. גרסאות המיוצרות באופן תעשייתי עם חומרים משמרים יכולות להימשך 30-45 ימים. בתנאי קיץ חמים ולחים, חיי המדף יתקצרו ל-7-10 ימים, בעוד שאריזה בוואקום או קירור יכולים להאריך אותם ל-2-3 חודשים.
כדי לקבוע אם עוגיות אגוזים התקלקלו, התבונן במשטח עבור כתמי עובש ובדוק אם יש ריח מעופש (ריח של שמן חמוץ). אם המרקם נעשה רך ודביק או בעל טעם חמצמץ או עפיצות, הוא התקלקל ואסור לאכול אותו. עוגיות אגוזי מלך מכילות כמות גדולה של שמן ורכיבי אגוזים, מה שהופך אותם לרגישים ללחות וחמצון. מומלץ לאחסן אותם בצנצנות פח או זכוכית אטומות עם חומר מייבש מזון.
לעוגיות אגוזים מסורתיות יש תכולת לחות נמוכה והן אפויות, מה שמקנה להן כמה תכונות משמרות. עם זאת, שיטות מודרניות, המכוונות למרקם פירורי, מגדילות את כמות השמן בשימוש, מה שלמעשה מקצר את חיי המדף. אם מכינים מנה גדולה בבת אחת, אפשר לחלק אותה למנות ולהקפיא. לפני האכילה, אפשר לחמם אותו שוב בתנור ב-150 מעלות למשך 5 דקות כדי להחזיר את המרקם הפריך שלו.
